藥用塑料瓶的除菌方法多樣，常用的有以下幾種：
輻射除菌法：
輻射除菌法，是采用放射性同位素放射的γ射線殺滅微生物和芽孢的方法。本法較常用的60Co-γ射線輻射除菌，醫(yī)療器械、容器、生產(chǎn)輔助用品、不受輻射破壞的原料藥及成品等均可用本法除菌。其特點是不升高產(chǎn)品溫度，穿透力強，除菌效率高，但設(shè)備費用較高，對操作人員存在潛在危險性。
環(huán)氧乙烷除菌法：
環(huán)氧乙烷氣體除菌力強、除菌譜廣，可殺滅各種微生物包括細(xì)菌芽孢，屬除菌劑。此種除菌方式的穿透力很強，故多數(shù)不宜用一般方法除菌的物品均可用環(huán)氧乙烷消毒和除菌，是目前較主要的低溫除菌方法之一。
高壓蒸汽除菌法：
用高溫加高壓除菌，不僅可殺死一般的細(xì)菌，對細(xì)菌芽胞也有殺滅效果，是較可靠、應(yīng)用較普遍的物理除菌法。藥瓶在采用此種方法時應(yīng)注意包裹不應(yīng)過大、過緊，易燃，易爆物品，如碘仿，苯類等，禁用高壓蒸氣除菌。
藥用塑料瓶的除菌方法多樣，以上幾種僅為常見的方法，具體選擇哪種除菌方式要根據(jù)醫(yī)藥包裝材質(zhì)及所盛放藥物的屬性而定。